W początkowym okresie istnienia zakon nie odgrywał większej roli militarnej ani politycznej i nie mógł równać się z zakonami templariuszy i joannitów. Sytuacja zmieniła się dopiero, kiedy wielkim mistrzem został Herman von Salza. Ten zdolny polityk uzyskał dla krzyżaków liczne przywileje, powiększył posiadłości i rozszerzył wpływy zakonu. Dzięki bullom papieża Honoriusza III oraz protekcji cesarza Fryderyka II młody zakon zrównał się przywilejami z templariuszami i joannitami. Wierną służbę Krzyżaków cesarz hojnie nagradzał. Ogłaszając, że likwidacji ulegną wszystkie długi zaciągnięte przez człowieka, który zostaje Krzyżakiem, cesarz znacznie przyczynił się do zwiększenia liczby braci. Bogactwo, wpływy i szczególne prawa zakonu sprawiły, że stał się on bardzo atrakcyjną instytucją. Podczas konfliktów Fryderyka II z papieżem Grzegorzem IX Krzyżacy opowiedzieli się po stronie cesarza. Papież zagroził im cofnięciem przywilejów i kazał się poddać się władzy joannitów. Doszło również do konfliktu z popierającymi papieża templariuszami, a w samym zakonie niemieckim doszło do rozłamu. Część braci popierała papieża druga zaś cesarza. O samym rozłamie w zakonie nie możemy się zbyt wiele dowiedzieć z krzyżackich źródeł. Fakt, że wielcy mistrzowie zmieniali się szybko, a dostojnicy zakonu znajdowali się we wrogich obozach świadczy o kryzysie wewnętrznym zakonu. Konflikty wewnętrzne zostały zażegnane dopiero w drugiej połowie XIII wieku. Należy jednak zaznaczyć, że nawet wewnętrzne problemy zakonu nie przeszkodziły mu w podboju Prus.