W 1309 roku przeniesiono siedzibę główną wielkiego mistrza do Malborku, wydarzenie to zmieniło ustrój i organizację Państwa Zakonnego. Przede wszystkim zmienił się charakter zgromadzenia, teraz liczyło się świeckie i polityczne oblicze zakonu. Wielki mistrz stał się niezależnym władcą potężnego państwa liczącego się w Europie. Rezydujący dotąd w domu głównym dostojnicy zakonu stali się teraz panami wielkich komturii: wielki marszałek w Królewcu, wielki szpitalnik w Elblągu a wielki szatny w Dzierzgoniu. Wielki komtur i wielki skarbnik pozostali w Malborku przy wielkim mistrzu. Malbork stawał się wspaniałą rezydencją, w której tętniło życie dworskie. Przybywający do Prus rycerze z Niemiec, Anglii i Francji właśnie w malborskim zamku mogli podziwiać potęgę zakonu. Przemianom uległa również administracja państwa. Komturie zostały ściśle podporządkowane władzy zwierzchniej. Krzyżacy wykorzystali potencjał ludzki przyporządkowując każdemu rycerzowi odpowiedni urząd. Krzyżacy dbali o rozwój podbitych ziem sprowadzając na nie osadników. Do połowy XIV wieku na terenach Pomezanii, Pogezanii i Warmii założyli około 1400 wsi. Równie szybko rozwijało się osadnictwo miejskie, do 1410 roku powstały 93 miasta. Wielkie miasta położone nad Wisła i Bałtykiem odgrywały dużą rolę w gospodarce, prowadziły handel międzynarodowy należały do Hanzy. Kolonizacja Prus była przedsięwzięciem olbrzymim a zarazem bardzo intensywnym. Szybki rozwój gospodarczy przyniósł zakonowi znaczne korzyści finansowe, co idąc w parze z rozwojem demograficznym znacznie powiększyło możliwości militarne zakonu. Dzięki temu zakon miał środki do budowy kościołów, szpitali a przede wszystkim zamków (powstało ich około 200). Zakon był wielkim posiadaczem ziemskim, a jego gospodarstwa były prowadzone wzorowo. Również handel, za który byli odpowiedzialni wielcy szafarze z Malborka i Królewca, rozwijał się w Państwie Zakonnym pomyślnie. Kolejnym elementem gospodarki zakonu była sieć różnorakich zakładów rzemieślniczych (huty, garbarnie, smolarnie, cegielnie, itp.).